跨境電子商務是指不同國家或地區的個人與企業，通過跨境電子商務平臺達成交易、進行支付結算，并通過跨境物流送達商品、完成交易的一種國際商業活動。跨境電子商務貿易一般包括B2B、B2C、保稅區B2B2C等方式。
相較于傳統貿易形式，跨境電子商務具有批次多、批量小、品種雜、貨值低等特點，給中國消費者帶來了便利與實惠的同時，也給跨境電商負面清單檢疫工作帶來了諸如監管模式被突破等新的挑戰。作為跨境貿易活動監督管理的主要官方部門之一，跨境電商負面清單檢疫部門如何發揮職能，是站在時代變革之際的檢驗檢疫人需要積極應對的問題。
跨境電商負面清單檢疫主要職能就是防止人類傳染病、動植物病蟲害跨境傳播，防止不安全不合格產品進出口。與此相應的，檢驗檢疫環節必須在銷售和使用之前完成，其時間特性也決定了無法為便利國內消費者作出相應讓步。為了應對跨境電子商務“進口卡在國檢”的傳言，國內多地檢驗檢疫機構出臺了相應的檢驗檢疫監督管理辦法，從監管模式上進行改革，謀求突破。
總之，面對跨境電子商務跨越式發展的新局勢，檢驗檢疫的改革和調整十分迫切。目前跨境電子商務的檢驗檢疫監管缺少國家性的法規文件支持，各地出臺的都是地方性的管理辦法，做法不一導致監管局面混亂，如何制定新的監管模式，滿足風險防控的要求，同時又保障或最大限度的不影響跨境電子商務的便利，是擺在檢驗檢疫人面前的重大課題。
